Au début des hostilités, les milices bosno-serbes, soutenues par l'armée fédérale yougoslave et les organisations paramilitaires de Serbie, et bien mieux équipées que les forces croato-musulmanes, pénalisées par l'embargo sur les armes décrété en septembre 1991 par le Conseil de sécurité de l'ONU, remportèrent des succès significatifs. Au mois de mai, les Serbes s'étaient emparés des villes de Bosnie occidentale (Bijeljina, Modrica, Banja Luka, Gradiska) majoritairement musulmanes, et occupaient 60 % du territoire bosniaque où elles se livrèrent aux pires exactions : exécutions sommaires, massacres, pillages, viols collectifs et expulsion de tous les non-Serbes en vue de constituer des régions «ethniquement pures».
Ces atrocités suscitèrent l'indignation de la communauté internationale, sans pour autant provoquer une intervention directe de celle-ci dans le conflit. Le Conseil de sécurité de l'ONU se contenta de prendre des sanctions contre la Serbie et le Monténégro (30 mai 1992), et de voter en juin l'envoi de casques bleus à Sarajevo (FORPRONU), destinés au strict maintien de la paix.
Face aux succès serbes, le camp croato-musulman commença à se fissurer. Au printemps 1993, les Musulmans, victimes de nouvelles offensives serbes en Bosnie orientale d'une part (Srebrenica, Gorazde, Foca et Visegrad), et des assauts croates en Herzégovine occidentale et sur une partie de la Bosnie centrale d'autre part, se trouvaient dans une situation tellement critique qu'elle conduisit l'ONU à instituer en mai six «zones de sécurité» (Sarajevo, Tuzla, Zepa, Gorazde, Srebrenica, Bihac) où les casques bleus étaient chargés de leur protection.
Début 1994, la situation évolua en faveur des Musulmans.
Sur le plan militaire aussi, les Bosno-Serbes perdirent du terrain. En juillet, les Bosno-Serbes s'emparèrent des «zones de sécurité» de Srebrenica et de Zepa, où ils se livrèrent à des atrocités. Mais ce furent leur dernière offensive victorieuse. Les frappes occidentales sur les infrastructures militaires bosno-serbes suite au bombardement meurtrier d'un marché de Sarajevo (28 août 1995) et la reconquête par les Croato-musulmans de la Bosnie occidentale et centrale vinrent ainsi à bout de la résistance serbe. Ainsi s'acheva, à l'automne 1995, ce conflit long et sanglant qui avait fait plus de 280'000 morts et provoqué l'exode de plus de 2,6 millions de personnes